そのまんまですが、El CapitanでJava6を入れないで、やむなくOracle JREを入れたけれど、いつまでもインストールしろとうるさいので調べたら、こんなFAQがOracleにありました。
After I updated to Mac OS X 10.10 (Yosemite), why am I told to install Java after I already installed the latest Java?
回答は、「full JDKを入れろ」でありました。Java SEですね。見つかりにくいですが、たぶんこのへんからたどるとよいのでは。
たしかに、JREだけだと空のディレクトリがあちこちにあって、なんか変だなと思っておりました。環境変数JAVA_HOMEを設定すればjavaコマンドは動きますが、ダイアログはシステムが出しているわけで、ユーザ側の環境変数は関係ないはずで。
それで、Java SE入れて再起動すると、あたりまえですが特に環境変数JAVA_HOMEを設定しなくてもOracle Java 8が動きました。まあ、しのごの考えないで、さっさと再起動するのがいいような気がします。
一方、検索してみると、El Capitanのrootlessを解除してApple Java 6を入れる手順が説明されていますが、気持ちはわかりますがやめたほうがいいんではないかと思う次第。
AppleのJava 6サポートはEl Capitanが最後なんだそうです。Java 6依存のコードは、Oracle Javaの新しいコード（Java 8とか）で警告なくコンパイルできるよう、リファクタリングしなければいけませんね。いろいろめんどくさいですが。
